設定画面でチェックボックスが消えたなど、何かしら問題が発生した場合、JavaScriptのキャッシュが悪影響を及ぼしている可能性が高いです。
こちらの方の記事が詳しいので参考に、強制リロードを試して頂ければと思います。
有料・無料テンプレートをお使いの方へ
有料、無料テンプレートをお使いの方は、テンプレート制作者がJavaScriptやCSSに対し、何かしらの処理を行っている場合があります。
特によくあるのが、WordPressのセキュリティ対策もかねて、下記のバージョン情報を隠すという処理です。
上記の処理が行われると、昔の情報がブラウザのキャッシュに残りますので、QAヒートマッププラグインの更新を行っても、画面がおかしな状態になるということがよく発生します。
この場合も、やはりブラウザの強制リロードをお試しください。